Kortisol
Er ofte omtalt som stresshormonet.  Det som mobiliserer og setter oss i beredskap. Det har en jevn økning i produksjonen i løpet av de siste fire timers søvn, normalt mellom klokken 04:00 og 8:00. Det er det økende nivået av kortisol som hjelper oss å våkne opp om morgenen, med størst konsentrasjon av kortisol i blodet rundt klokken 8:00. Kortisolnivået synker gradvis i løpet av dagen, og er gjerne på sitt laveste mellom midnatt og 04:00 på morgenen.  Toppen kan variere avhengig av når du står opp om morgenen. For skiftarbeidere eller personer med et annet mønster for å sove og våkne, kommer gjerne denne økningen i løpet av deres siste fire timers søvn, uansett når denne tidsperioden er.

Melatonin
Er det hormonet som får oss til å føle oss trøtte og er sterkt knyttet til eksponeringen av lys. Utskillelsen starter når solen går ned og mørket kommer. Melatonin-nivåene har normalt en topp midt på natten, i tre-fire-tiden. Utskillelsen av melatonin er knyttet til alder. Jo eldre dess lavere er produksjonen. Melatoninproduksjonen begynner å falle alt i tenårene. Noen mener at økningen i søvnproblemer som sees med økende alder kan skyldes tilsvarende reduksjon i melatonin-nivåene.  Foreløpig tyder ikke forskningsresultatene på noen entydig forklaring. Imidlertid så har melatonin tydelig  effekt på søvn, og spesielt på døgnrytmen.